斯氏弓形杆菌基于基因组序列遗传特征分析

周贵兰 王园园 顾一心 李颖 鞠长燕 王佳奇 王海瑞 陈晓丽 段永翔 张茂俊

引用本文: 周贵兰, 王园园, 顾一心, 李颖, 鞠长燕, 王佳奇, 王海瑞, 陈晓丽, 段永翔, 张茂俊. 斯氏弓形杆菌基于基因组序列遗传特征分析[J]. 疾病监测. shu
Citation:  Guilan Zhou, Yuanyuan Wang, Yixin Gu, Ying Li, Changyan Ju, Jiaqi Wang, Hairui Wang, Xiaoli Chen, Yongxiang Duan and Maojun Zhang. Analysis on genetic characteristics of Arcobacter skirrowii based on whole genome sequence[J]. Disease Surveillance. shu

斯氏弓形杆菌基于基因组序列遗传特征分析

    作者简介: 周贵兰,女,安徽省六安市人,在读硕士研究生,主要从事弯曲菌及弓形杆菌基因组分析相关工作,Email:1194524845@qq.com;
    通信作者: 张茂俊, zhangmaojun@icdc.cn
  • 基金项目: 深圳市“医疗卫生三名工程”引进高层次医学团队项目(No. SZSM201803081)

摘要: 目的获得斯氏弓形杆菌的遗传特征,并对其耐药基因及毒力相关基因进行预测分析。方法对本实验室分离培养的8株斯氏弓形杆菌进行基因组测序并从NCBI和PATRIC数据库中下载全部已完成基因组测序的15株斯氏弓形杆菌的全基因组序列,应用生物信息学软件对23株不同地域、不同宿主来源的斯氏弓形杆菌进行遗传特征分析。结果23株斯氏弓形杆菌中仅3株菌携带耐药基因,且均为β-内酰胺类抗生素耐药基因。 所有菌株均含有与免疫逃避、侵袭及运动等相关的毒力基因。 对其他菌种弓形杆菌常见的10种毒力基因比对分析发现,本研究中所有斯氏弓形杆菌菌株均含有ciaBtlyAcj1349pldAmviN基因,2株菌(CNAS12-1和F28)含有iroE基因,均不携带另外4种毒力基因。 21.7%(5/23)的菌株包含Ⅵ型分泌系统(T6SS)基因簇,且其与弯曲菌属内的T6SS存在基因组成及排列的差异。结论斯氏弓形杆菌有较高的遗传多样性,部分菌株可能有潜在的耐药和致病特征。

English

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  • 图 1  23株斯氏弓形杆菌毒力基因携带情况

    Figure 1.  Virulence gene carrige in 23 A. skirrowii strains

    图 2  T6SS基因簇在斯氏弓形杆菌和结肠弯曲菌中的分布

    Figure 2.  Distributions of T6SS gene cluster in A. skirrowii and C. coli

    图 3  斯氏弓形杆菌基于核心基因组SNPs的系统发育树

    Figure 3.  Phylogenetic tree of A. skirrowii based on SNPs

    表 1  23株斯氏弓形杆菌基因组基本信息

    Table 1.  Basic information about genome of 23 A. skirrowii strains

    菌株名称Scaffolds数(个)基因组大小(bp)(G+C)含量(%)分离来源分离国家GenBank number
    17-1201-31451 911 58027.68鸭粪  德国 QEYG01000000
    17-1201-4361 938 13527.58家禽粪便德国 QEYH01000000
    17-1206-2321 937 84127.58家禽粪便德国 QWFE01000000
    17-1208-1381 940 18227.62家禽粪便德国 QWFD01000000
    17-1208-2341 935 07427.66家禽粪便德国 NZ_QEYI00000000
    v341 935 07427.66家禽粪便德国 QEYI01000000
    L402511 867 47727.77鸡粪  加拿大LRUW00000000
    L403361 807 18627.8水   加拿大LRUX00000000
    L404831 870 21927.95水   加拿大LRUY00000000
    L405411 728 55528.01水   加拿大LRUZ00000000
    NCTC1271341 973 13627.73粪便  英国 UIGC01000000
    A2S611 877 75227.84奶制品 英国 CP034309
    LMG6621621 973 79127.65动物粪便英国 NXIC01000000
    CCUG1037411 969 84627.75羔羊粪便英国 CP032099
    F281101 814 99927.84野猪  西班牙PDJT01000000
    CNAS01-171 809 35927.78羊粪  中国 
    CNAS01-2211 946 79627.58羊粪  中国 
    CNAS02-1101 794 82627.75羊粪  中国 
    CNAS03-1151 832 30527.75羊粪  中国 
    CNAS05-1121 733 96227.94羊粪  中国 
    CNAS10-181 777 98527.9羊粪  中国 
    CNAS12-1141 858 49627.65羊粪  中国 
    ICDCAS1911 933 86627.85鸡肉  中国 
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  • 通信作者:  张茂俊, zhangmaojun@icdc.cn
  • 收稿日期:  2020-10-19
  • 网络出版日期:  2020-11-20
通信作者: 陈斌, bchen63@163.com
  • 1. 

    沈阳化工大学材料科学与工程学院 沈阳 110142

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