内蒙古鼠疫耶尔森菌差异区段分型特征研究
蒋羽, 李建云, 梁莹, 蔡虹, 彭遥, 王宇萌, 刘芳, 徐冬蕾, 王姝懿, 张志凯, 海荣, 张忠兵, 李伟, 范蒙光
2016,31(5) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2016.05.013
目的 研究分离自内蒙古不同鼠疫疫源地、不同宿主和媒介的鼠疫耶尔森菌的差异区段基因型分布特征。方法 选取内蒙古3个鼠疫疫源地分离的鼠疫耶尔森菌307株,采用差异区段分析法,设计24对引物进行DFR位点扩增分型,用BioNumerics软件分析。结果 通过差异区段分型方法共发现13种基因型,其中5种基因型(Gnm1~Gnm5)为本研究首次报道。长爪沙鼠疫源地有9种基因型,主要基因型为G11(71.8%,122/170);达乌尔黄鼠疫源地有6种基因型,主要为G10(44.1%,41/93)和G11(35.5%,33/93);布氏田鼠疫源地有4种基因型,主要为G14(90.9%,40/44)。3个疫源地均分布有G11型。结论 内蒙古鼠疫耶尔森菌差异区段基因型分布具有明显的地理分布特征,对分析内蒙古鼠疫的传播和遗传演变具有重要的分子流行病学意义。
关键词: 鼠疫耶尔森菌, 内蒙古, 差异区段分型, 分子流行病学
鼠疫菌基因组"默认编码序列" 数据库的建立与初步研究
张恩民, 王琪, 申小娜, 陈晨, 俞东征, 海荣
2010,25(6) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2010.06.005
目的 对8株鼠疫耶尔森菌全基因组间编码序列进行比对,寻找鼠疫菌中最普遍存在的编码序列,建立默认编码序列数据库。 方法 应用Blast软件、Perl编程及Excel软件等,对8株已测序全基因组编码序列进行比对和统计。 结果 建立了默认编码序列数据库,共有4271个编码序列。其中8株鼠疫菌核苷酸(氨基酸)完全一致的编码序列为1176个;对应的编码序列只存在1种默认编码序列的是2465个;存在2种默认编码序列的是630个。 结论 默认编码序列数据库是鼠疫菌中最普遍存在的编码序列集合,为进一步深入研究鼠疫菌的遗传特征提供了可靠信息。
关键词: 鼠疫耶尔森菌, 序列分析, 编码序列
云南省鼠疫耶尔森菌多位点可变数目串联重复序列分析
朱俊洁, 王鹏, 张蓉, 海荣, 梁莹, 宋志忠
2013,28(10) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2013.10.016
目的 通过多位点可变数目串联重复序列分析(multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis,MLVA)方法,对云南省鼠疫菌株进行基因分型。 方法 采用聚合酶链反应(PCR)和毛细管电泳,通过BioNumerics软件进行处理,分析云南省158株鼠疫耶尔森菌基因型。 结果 选取鼠疫菌的14个VNTR位点,5个VNTR位点对云南省鼠疫菌具有多态性分析意义,利用这5个位点对云南菌株进行分析,云南158株鼠疫菌可分为2个群,3个簇,5个基因型,野鼠鼠疫菌属于A簇,丽江玉龙鼠疫菌属于B簇,家鼠鼠疫菌属于C簇,与传统的生态分型结果吻合。 结论 本次试验筛选的5个位点可以用于云南省鼠疫菌的分型,云南家鼠鼠疫菌、野鼠鼠疫菌及玉龙鼠疫菌分属不同的基因簇,玉龙鼠疫菌与野鼠鼠疫菌同属一个群,聚类结果与实际的地理相关性很好。
关键词: 鼠疫耶尔森菌, MLVA分型方法, 基因型, 生态分型
鼠疫菌基因组学研究进展
申小娜, 海荣, 俞东征
2009,24(6) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2009.06.019
不同来源鼠疫菌株和假结核菌的测序完成,为我们通过比较基因组学手段对鼠疫菌进行研究提供了前所未有的机遇。本文通过对鼠疫菌基因组间及其与假结核菌基因组的分析比较,从全基因组的水平描述了鼠疫菌的基本特征,并论述了目前以比较基因组学为手段,从基因组水平来探讨鼠疫菌在编码序列、基因组重排、毒力基因、生境适应、种间种内进化等方面的研究现状。
关键词: 鼠疫, 耶尔森菌, 基因组, 比较基因组学, 进化基因组学
鼠疫耶尔森菌基因组重排研究进展
谢芳 (综述), 海荣 (审校), 俞东征 (审校)
2010,25(5) . doi: 10.3784/j.issn.1003-9961.2010.05.016
介绍细菌基因组重排现象的发现、特点以及重排后对细菌遗传和进化所产生的影响。经研究发现鼠疫菌基因组中的插入序列和重复序列是造成鼠疫菌基因组频繁重排的重要原因,不同来源鼠疫菌基因组的重排有一定的规律性,它们之间的遗传学距离以及基因之间相应的连接方式是识别和鉴定鼠疫菌的重要指标。
关键词: 鼠疫耶尔森菌, 基因组重排, 研究进展

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